Bundan sonraki dönemde ise ailesinin baskısıyla, Türkiye'deki futbol macerası başladı. İki senelik sözleşme ile Gençlerbirliği'ne transfer oldu. Ancak uyumsuzluk ve başarısızlık sebebiyle 6 ay sonra Almanya'ya döndü. Münih Türkgücü'nde amatör olarak futbola devam ederken parasal sorunlar nedeniyle tekrar Türkiye'ye dönmeye karar verdi. İkinci Türkiye seferine İkinci Lig takımlarından Kuşadasıspor'da başladı.
Daha önceki Türkiye deneyiminde yaşadığı uyum sorunu Kuşadası'nda yine baş gösterdi. Kuşadası'ndan Samsunspor'a transferinden sonra futbolu bırakarak, yarım bıraktığı FOS Kempten Ekonomi Bölümü'ne devam etmeyi düşündü. Fakat son anda verdiği kararla Samsun'da kaldı.
Samsun'da 3 sezon boyunca son derece başarılı bir performans gösterdi. Samsunspor ile sözleşmesinin bitmesi üzerine gelecek sezon için Galatasaray ile sözleşme imzaladı. Fakat daha sonra Beşiktaş'ın daha cazip bir teklif yapması üzerine Galatasaray ile sözleşmesi bulunmasına rağmen, Beşiktaş'a da imza attı. Dönemin Beşiktaş yönetiminin Galatasaray'a ricası üzerine, Galatasaray İlhan'ı şikayet etmekten vazgeçti ve olaylı bir şekilde Samsunspor'dan takım arkadaşı Tümer Metin ile beraber Beşiktaş'a transfer oldu. Beşiktaş'ta ilk sezonu olan 2001-2002 sezonunda başarılı performansını sürdürdü ve attığı 21 golle gol krallığına ulaştı. Bu sayede Milli Takım'a kadar yükseldi. Milli Takıma ilk defa çağrıldığında ;"En büyük hayallerimden biri de"Milli" olmaktı. Sağolsun Şenol Güneş hocam performansımı beğenmiş olacak ki beni Milli Takım kadrosuna dahil etti. Artık yapmam gereken tek birşey kaldı; başarılı olmak." diyerek önüne yeni bir hedef koyan İlhan, Dünya Kupasında gösterdiği perfonmans ile bu hedefe ulaşmanın gururunu yaşadı. Dünya kupası sonrası uzun süren sakatlıklar serisi başladı ve bir sonraki sezon olan 2002/2003 sezonunda uzun süre Beşiktaş'ta kadroya giremedi. Ancak sezon ilerledikçe düzeldi ve lig şampiyonluğunda büyük rol aldı.
2003-2004 sezonuna da son derece başarılı bir başlangıç yapan İlhan Mansız, devre arası Japon takımı Vissel Kobe'ye transfer oldu. Ancak Japonya'da da kısa sürede sakatlandı, forma giydiği tek maçta da sarı kart gördü ve gol atamadı. Sözleşmesi iptal edildi.
Daha sonra Almanya'ya döndü ve kısa süren Hertha Berlin ile anlaşması yine sakatlığı nedeniyle iptal edildi. 2005-2006 sezonunda sakatlığı geçti ve Sezon başında Ankaragücü'ne transfer oldu. Ankaragücünde oynadığı 9 maçta 4 gol atarak, başarılı bir performans sergiledi. Futbol kariyerindeki son resmi golü de, Ankaragücü formasıyla 30 Ekim 2005 tarihinde oynanan Süper Lig maçında Beşiktaş'a attı.
2006-2007 sezonu başında Almanya'da geçirdiği trafik kazası nedeniyle futbolu bıraktığını açıkladı.
11 Ağustos 2008 yaptığı açıklamada futbola yavaş yavaş yaklaştığını söyleyerek, önümüzdeki sezon (2009-2010) futbol oynayabileceğini söyledi. Mansız, "Sakatlığımla ilgili şu anda Almanya'da tedavim devam ediyor. Hem antrenman hem de tedavi programlarını aksatmadan İzmir'de dizi çekimlerine gidiyorum. Bu çalışma temposunda yaklaşık olarak iki devre arasında bir takımla antrenman çalışmalarına gelmiş olacağım. Futbola yavaş yavaş yaklaşıyorum. Yaklaşık 2 senedir futboldan uzak kaldım. Hiç kimse 2-3 ay içinde futbola dönmemi bekleyemez. Gerçekçi olursak en erken bundan sonraki sezonda futbola dönebileceğimi düşünüyorum" dedi. 2009 yılının Temmuz ayında futbola yeniden dönme çabası içinde 1860 Münih ile deneme maçlarına çıkmış, oynadığı ilk maçında gol atmıştır. İkinci hazırlık maçında iki gol birden atarak eski günlere dönüşünün sinyallerini vermiş ancak 1860 Münih klübü İlhan Mansızla anlaşma imzalamamıştır.
İlhan Mansız, 2009 Ekiminin sonunda futbola veda ettiğini açıkladı
38 kez A Milli Futbol Takımı forması giyen İlhan Mansız, bu maçlarda 7 gole de imzasını attmıştır. Türk Milli Futbol Takımı'nın dünya üçüncüsü olarak tarihe geçtiği 2002 FIFA Dünya Kupası'nda üç gol attı. Ancak bu goller içinde çeyrek final maçında Senegal'e uzatmalarda (dakika 94) attığı altın gol hayatının en önemli golü oldu. Bu sayede tüm dünyada tanınır hale geldi. İlhan, Kuşadasıspor'da 37 maçta 19 gol, Samsunspor'da 89 maçta 26 gol, Beşiktaş'ta 66 maçta 36 gol atmıştır.
İlhan Mansız'a bilhassa Senegal maçında attığı gol için teşekkür eder mutlu seneler dilerim.
